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新公司能否補繳該職工三個月的社保，要從雙方建立勞動關系后的三個月社保和職工從原公司離職后缺的三個月社保兩種情況來進行具體情況具體分析：

一、雙方建立勞動關系后的三個月社保

該參保人在加入新公司之后，和新公司建立了勞動關系，在三個月內新公司沒有進行該參保人員社保的繳納，那么該參保人是有權要求新公司對于這三個月的社保進行補繳的。

二、職工從原公司離職后缺的三個月社保

該參保人從原公司離職之后的三個月之后才入職新的工作，那么這三個月時間斷繳的社保，是不能夠要求新公司進行三個月社保的補繳的。

離職之后的員工想要進行社保的補繳，那么可以選擇以下三種方法：

1、先以靈活就業人員的身份進行職工社保的繳納，以保證社保中的養老保險和醫療保險能夠不斷繳，雖然養老保險一時的斷繳并不會造成很大的影響，但是醫保的斷繳對于該參保人的生活醫療是會造成比較大的使用困擾的，以靈活就業人員的身份先進行社保的繳納，需要承擔全部比例的社保繳納費用，同時也只有養老保險和醫療保險可以選擇，所以還是建議盡快參與到新工作中來。

2、參保人還可以選擇比較具有保障性的社保代繳機構進行社保的繳納，不過這樣除了要提交相應的社保繳納費用，還需要支付一定的服務費用，會給參保人員造成一定的資金壓力，另外，這種方法也具有一定的風險性。

3、參保人員如果在后續沒有繼續進入新公司的打算，準備自己進行零售店等等個人經營實體的營業，在職工社保的繳納上存在了一定的資金壓力，那么也可以選擇轉為城鄉居民養老保險，這樣每年的社保繳納壓力會比較小，不過該方法也是需要多加斟酌的，因為城鄉居民養老保險參保之后，相應的養老待遇會比職工社保的養老待遇差，并且城鄉居民養老保險雖然是可以轉為職工社保的，但是需要滿足相應的條件，并且城鄉居民養老保險的繳納年限是不可以算進職工社保的繳納年限里的。